El Centro Universitario San Isidoro cuenta con el sello Audit de la ANECA que certifica la plena implantación en el Centro del Sistema de Aseguramiento de la Calidad.

La Resolución de 11 de marzo de 2021, del Consejo de Universidades, estimó la solicitud del Centro Universitario San Isidoro (41015883), adscrito a la Universidad Pablo de Olavide, de Sevilla, declarando la acreditación institucional del Centro. La acreditación institucional tiene los efectos previstos en el artículo 14 del Real Decreto 640/2021, de 27 de julio, de creación, reconocimiento y autorización de universidades y centros universitarios, y acreditación institucional de centros universitarios, y en el artículo 35 del Real Decreto 822/2021, de 28 de septiembre, por el que se establece la organización de las enseñanzas universitarias y del procedimiento de aseguramiento de su calidad (anterior artículo 27 ter, del Real Decreto 1393/2007, de 29 de octubre, por el que se establece la ordenación de las enseñanzas universitarias oficiales).

Es el único centro universitario privado de Andalucía que dispone de tal acreditación, aplicable a todas sus enseñanzas oficiales.